담배를 피우는 사람은 피우지 않는 사람에 비하여 크론병이 발생할 확률이 높다고 알려져 있으며, 크론병 환자 중 담배를 피우는 사람은 병이 악화되어 수술하게 될 확률이 높고 예후가 나쁩니다. 또한 크론병으로 수술한 후에도 담배를 계속 피우는 사람은 담배를 피우지 않는 사람에 비하여 재발할 확률이 높습니다. 따라서 크론병 환자는 필히 금연하여야 합니다.

반면 담배를 피우는 사람은 피우지 않는 사람에 비하여 궤양성 대장염이 발생할 확률이 낮고, 특히 담배를 피우다가 금연한 사람에서 궤양성 대장염이 더 잘 생깁니다. 또한 담배를 피우는 궤양성 대장염 환자가 금연하면 궤양성 대장염이 악화되는 경우가 비교적 흔합니다. 하지만 흡연이 인체에 미치는 수많은 악영향을 따져 보았을 때 궤양성 대장염을 치료하기 위해 담배를 필 이유는 없습니다.